Pues el modo que yo conozco es manual. Si te fijas, cuando has creado el ini del emulador en mamewah, se te crea automáticamente, tras ejecutar el front-end un emulador-0.ini (logicamente con el nombre del emulador que sea). Pues bien, si duplicamos dicho archivo y lo llamamos emulador-1.ini, ya tendremos dos listas para un mismo emulador.
Ya solo queda abrir el emulador-1.ini con el notepad y editar
Para cambiarle el nombre y poner "Favoritos", por ejemplo.
Ejecutas mamewah del modo habitual y ahora con darle al botón de opciones sobre una rom (tecla 2 por defecto) nos saldrá la opción de copiar dicho juego a las listas disponibles. Lo movemos a la lista favoritos y santas pascuas.
El mamewah tiene memoria, es decir, si estamos en la lista de favoritos y cambiamos de emulador, cuando volvamos al emulador original, seguiremos en la lista de favoritos. Es decir, que si queremos estar siempre en la lista de favoritos, no queda más que utilizar un botón oculto o similar para cambiar de listas y que así nadie se pase por error a la lista completa.