Bueno pues por fin
lo he conseguido! que cruz!
¿Que es lo que pasaba?
- En el menú con tabulador de dentro de los juegos en Mamewah, si configuramos los botones para todos los juegos, después no habrá manera de que lea otra configuración (aunque la hayamos puesto antes de configurar este menú por primera vez), nisiquiera poniendo la de neo-geo para todos los juegos, lee la default por default vamos.
¿Como se arregla?
- Se redefinen los botones al gusto, excepto los 6 principales (o 4 el que solo tenga 4 claro), es decir, start, coin, escape (si queremos claro) pause, las direcciones, todo excepto los botones de acción que se llaman.
- Después se crea un archivo como el de Neo-geo de antes, pero para los botones por defecto de todos los juegos en general, que quedaría así:
CODE
<mameconfig version="10">
<system name="default">
<input>
<port type="P1_BUTTON1">
<newseq type="standard">KEYCODE_X</newseq>
</port>
<port type="P1_BUTTON2">
<newseq type="standard">KEYCODE_X</newseq>
</port>
<port type="P1_BUTTON3">
<newseq type="standard">KEYCODE_X</newseq>
</port>
<port type="P1_BUTTON4">
<newseq type="standard">KEYCODE_X</newseq>
</port>
<port type="P1_BUTTON5">
<newseq type="standard">KEYCODE_X</newseq>
</port>
<port type="P1_BUTTON6">
<newseq type="standard">KEYCODE_X</newseq>
</port>
<port type="P2_BUTTON1">
<newseq type="standard">KEYCODE_X</newseq>
</port>
<port type="P2_BUTTON2">
<newseq type="standard">KEYCODE_X</newseq>
</port>
<port type="P2_BUTTON3">
<newseq type="standard">KEYCODE_X</newseq>
</port>
<port type="P2_BUTTON4">
<newseq type="standard">KEYCODE_X</newseq>
</port>
<port type="P2_BUTTON5">
<newseq type="standard">KEYCODE_X</newseq>
</port>
<port type="P2_BUTTON6">
<newseq type="standard">KEYCODE_X</newseq>
</port>
</input>
</system>
</mameconfig>
Que básicamente se redefinen los botones de acción para p1 y p2 (el Start es el mismo para todos los sistemas por lo que no se cambia), donde "X" es el botón que queramos poner, al archivo lo llamamos como nos dé la gana, por ejemplo "TODOS".
Luego ya tenemos el de Neo-Geo que hemos hecho antes, también para ambos jugadores.
Abrimos el mame, en la opción Default game options del menú de la barra de arriba, seleccionamos "controllers" y le decimos que lea el archivo "TODOS" que hemos creado antes para todos los juegos.
Luego hacemos el otro proceso, seleccionamos un juego de NeoGeo con el botón derecho del ratón > Propiedades de neogeo.c, y le decimos, en la opción controllers que lea el Neo-Geo que tantos quebraderos de cabeza e ha ocasionado.
Voilá, ahora si distingue entre sistemas y podremos poner las configuraciones para los drivers que queramos que las distinguirá (por ejmplo "cps1")
Espero que le sirva alguien algún día.

Saludos.