Hola depechemodiano, yo creo que la respuesta a una parte de tu pregunta es bastante simple pues no hay mas que una explicación, desde luego en la versión moderna funcionan esos juegos que a ti no te funcionan así que la única solución es que las roms que tienes de esos juegos eran válidas para la 0,83 pero no para la 135, las roms se cambian a menudo, bien por que se mejoran de alguna manera o bien por que se añaden o se cambias cosas, una rom no vale para todas la versiones del mame, con lo cual lo único que deberías hacer es conseguir las versiones actuales de esas roms que no te funcionan en la 135u1, aunque puede que las que hay ahora tampoco funcionen en esa versión pues van por una bastante posterior. Pero yo creo que merece la pena probar.
Para lo del menú, lo único que se me ocurre es borrar el archivo de configuración del mame guardando una copia porque supongo que tendrás muchas cosas configuradas y seguramente después ya te funcione, y puedes usar la copia anterior para ir configurando las cosas como las tenías.
Saludos, Ricky