Si no recuerdo mal, las disqueteras de amiga son fisicamente diferentes a las de pc. De todos modos, échale un vistazo a:

http://www.caps-project.org/

Creo haber leido alguna vez en dicha web algo de cómo adaptar una disquetera o algo por el estilo.

A ver si tienes suerte.

PD.- Me encantaría tener un Commodore amiga, no soy muy aficionado a eso de coleccionar "cacharros" (existiendo los emuladores) pero al amiga le tengo cariño y eso que nunca tuve uno.