¡Solucionado!,
os pongo aqui como lo he conseguido por si le es útil a alguien (o por si se me olvida... )
tras comparar mi autoexec.bat con el de Lord Hiryu y ver que la configuración de la soudblaster era igual, descarté que fuera un problema de los drivers de DOS así que me centré en el Advmame y dí con la solución del problema.
Como todos los juegos que no sonaban bien coincidian en que no iban a 60Hz lo primero que hice fué cambiar el 'display_adjust generate_yclock' por 'display_adjust generate_clocky' para que los juegos fuesen a sus Hz originales, esto solucionó el sonido (y de paso el movimiento y scroll) de juegos como R-Type o Smash TV.
Tras hacer esto el Green Beret y el Iron Horse seguian sin oirse bien ,pero he logrado solucionarlo añadiendo los siguientes comandos a el archivo advmame.rc: 'gberet/sound_latency 0.1' e 'ironhors/sound_latency 0.1' (el valor por defecto es sound_latency 0.05)
Espero no encontrarme ninguno más que suene mal, aunque ya tengo una idea de como solucionarlo .
Gracias a Lord Hiryu y a BUBU por la ayuda que me habeis ofrecido.

Saludos.