Hola de nuevo,
A ver si podemos solucionar esto...antes de hacer ninguna prueba pon la latencia a su valor por defecto (0,05 ya lo cambiarás si te da algún problema cuando lo tengas casi ajustado)
Me he fijado que usas el 'device_sound vsync/ac97' y aqui puede ser donde te aparezcan los problemas, pues a mi la opcion de vsync en el sonido me dió problemas parecidos a los que tienes. Ahora que me fijo te dan problemas por ejemplo el mortal kombat y otros juegos que probablemante usen un refresco de video 'no standard' lo cual podría ser la causa de que el sonido pierda la sincronia. Salvo las repeticiones, es cierto que la opción Vsync/x se oye muy bien en cuanto a calidad de sonido (igual que el Mame32).

Yo haría pruebas con las otras opciones que aparecen en el documento advdev hasta que encuentres uno que se oiga bien. Yo lo hice y tuve que sacrificar un poco (pero muy poco) de calidad de sonido a cambio de que se oyera bien.

Saludos.