Hola,
Bienvenido de vuelta. Si como mejor te va es con el vsync/ac97 usa ese, ahora será cuestión de ver porqué suena mal...¿Probaste a rotar los juegos verticales?, para saber si se oyen mejor o no con la pantalla rotada.
En cuanto a lo del Mk3 no te puedo ayudar, pues a mi solo me va bien el MK1, el 2 y el 3 me van lentos (y se me oyen mal por eso mismo).

Lo de la configuración del advmame depende mucho del ordenador, monitor y tarjeta de sonido que uses, pero te pongo mi advmame.rc aqui de todas formas para que lo compares con el tuyo. (No tiene nada en especial excepto la latencia de sonido, que la he aumentado para que se me oyera bien y las modelines que hay al final, aunque no las suelo usar ya que las que me salen por defecto me van bien)

Advmame.rc:
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display_mode auto
display_adjust generate_clocky
device_video_clock 5-50 / 15.62 / 50-60 ; 5-50 / 15.73 / 50-60 ; 5-50 / 15.75 / 50-60
display_brightness 0.94
display_resize none
device_sound allegro/sbpro
sound_latency 0.1
vertical/display_rol yes

dir_rom c:\mameroms
input_map[p1_up] keyboard[0,8_pad] or joystick_digital[0,0,1,1] joystick_digital[0,1,1,1] joystick_digital[0,2,1,1]
input_map[p1_down] keyboard[0,2_pad] or joystick_digital[0,0,1,0] joystick_digital[0,1,1,0] joystick_digital[0,2,1,0]
input_map[p1_left] keyboard[0,4_pad] or joystick_digital[0,0,0,1] joystick_digital[0,1,0,1] joystick_digital[0,2,0,1] joystick_digital[0,3,0,1]
input_map[p1_right] keyboard[0,6_pad] or joystick_digital[0,0,0,0] joystick_digital[0,1,0,0] joystick_digital[0,2,0,0] joystick_digital[0,3,0,0]
input_map[coin1] keyboard[0,3] or joystick_button[0,8]
input_map[coin2] keyboard[0,4]
input_map[p2_button5] keyboard[0,e]
input_map[p2_button6] keyboard[0,openbrace]
neogeo/input_map[p1_button1] keyboard[0,c]
neogeo/input_map[p1_button2] keyboard[0,lshift]
neogeo/input_map[p1_button3] keyboard[0,z]
neogeo/input_map[p1_button4] keyboard[0,x]

device_video_format 15620 0.727273 0.0909091 0.0909091 0.0909091 0.854406 0.0536398 0.0114943 0.0804598
device_video_format 15730 0.727273 0.0909091 0.0909091 0.0909091 0.854962 0.0534351 0.0114504 0.0801527
device_video_format 15750 0.727273 0.0909091 0.0909091 0.0909091 0.854962 0.0534351 0.0114504 0.0801527
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Saludos.