Proyecto interesantisimo. Por mi parte sugerirte que soporte el manejo por medio del PAD, ya que somos muchos los que hemos optado por hackear unos Pad para hacer los controles de la maca. También si es posible que la configuración sea por medio de menús, ya que los jodidos archivos inis son un poco "raros" para los usuarios inexpertos como yo mismo. Si ya funciona bajo DOS y Win se saldría.
Luego cuanto más grande sea el numero de emuladores que soporte, mejor que mejor...
Solo desearte mucha suerte.

PD: Como sugerencia podrías echar un vistazo al MAMEWAH, igual te inspira alguna idea.