Al Final lo he conseguido de la siguiente forma:

He pillado el Avres.zip de la pagina de ultimarc y con la ultima version del mame oficial (la de windows con comandos) y he generado el mame.xml y los INI de todos los juegos para que pille las resoluciones. Se los he metido en la carpeta INI del mame32 plus y ahora se ajustan todos los juegos a la pantalla.

Lo unico malo es que ahora no me sale el Artwork que me salia antes en los juegos verticales (tenia uno universal que ponia MAME) pero prefiero ver toda la pantalla que ver el artwork.

Y lo de los favoritos en el mamewah tb lo solucione creando dos archivos mame-o.ini y mame-1.ini en la carpeta INI del mamewah , los 2 vacios (2 archivos .txt renombrados a .ini) que al ejecutar el mamewah se escriben las opiones dentro automaticamente.Asi luego puedo tener una lista con todos los juegos y otra con los favoritos.

Salu2 y Gracias