Podemos generar tantas listas como queramos.
En este caso voy a explicar como hacer una lista general y otra de favoritos en Game boy advance

1- Tenemos un archivo gba.ini configurado como corresponde

2- Creamos un nuevo arcivo de texto y escribimos lo siguiente

### gba-0.ini (mamewah v1.60) ###

list_title Todos

### Games List Settings ###
cycle_list 1

### Execution Settings ###
commandline_format
alt_commandline_format_1
alt_commandline_format_2

### Settings used by MAMEWAH ###
current_game 4

En este caso utilizo la versión 1.6b8 pero al caso es lo mismo
le poneis la version vuestra

Este archivo lo renombramos gba-0.ini
Lo incluimos dentro de la carpetan donde estan los ini de mamewah

3- Creamos otro archivo de texto

Incluimos lo siguiente

### gba-1.ini (mamewah v1.60) ###

list_title Favoritos

### Games List Settings ###
cycle_list 1
list_type normal
display_clone_info 0
max_favorites 0

### Execution Settings ###
commandline_format
alt_commandline_format_1
alt_commandline_format_2

### Settings used by MAMEWAH ###
current_game 1

Este lo renombramos como gba-1.ini

Y asi sucesivamente gba-2.ini ....... gba-n.ini
La historia de todo esto radica en la linea

list_title Favoritos

A cada ini que creemos le ponemos el titulo que queramos que aparezca
Arrancamos Mamewah y entramos en la pantalla de Gameboy Advance
y elegimos el juego que queramos , con el boton 2 entramos en Game list options
y seleccionamos Add game to list
Se nos desplegaran las distintas listas que hayamos creado e incluimos el juego
en la que más nos interese.
Una vez vueltos a la pantalla principal del emulador basta con pulsar el botón 3 ó
5 para cambiar por las distintas listas , o bien, pulsamos la letra x para
seleccionar la que queramos.

Saludos