La solución de mikonos ha sido, aunque efectiva en tu caso, pero arriesgada, pues si llegas a tener una configuración diseñada de muchas opciones del MAME, se te hubiera desconfigurado totalmente pues habrías eliminado el fichero. Yo te aconsejo que cuando tengas una configuración estable y que te guste, copies el fichero default.cfg con otro nombre, y si te cargas algo pues lo recuperas de ahí.