El hecho de que la imagen vaya a 50hz no debería influir en la velocidad de los juegos, en todo caso influiría en la velocidad de dibujado en pantalla. Y si además te afecta al sonido, es muy raro. De cualquier modo, hay algunos juegos que por defecto activan el vsync de modo que limitan el número de imágenes que dibujan según la frecuencia del monitor. Esto que en teoría es bueno, suele producir resultados negativos ya que si nuestra tarjeta gráfica no es capaz de dar todas las imágenes necesarias (60 normalmente ya que esa es la frecuencia más usual) se acaban dibujando justamente la mitad. Así que por ello, siempre es mejor desactivar el vsync en los juegos, mejor tener 49 imágenes que 25.

PD.- Esto que te he dicho de los juegos es con respecto a los juegos de pc, NO DEL MAME, por si ese era el problema. Si el problema lo tienes con el mame no tengo ni idea.