Para SNES, Megadrive y otro montón de consolas, tienes las goodtools.

Te las puedes bajar de esta web:

http://haggar.emuunlim.com/goodtool/goodtool.htm

Básicamente tienen las mismas funciones que el clrmamepro pero estos programillas son de linea de comandos (en plan msdos) así que toca escribir un poquillo.