Ni idea, creía que iba a poder ayudarte, pero me sobrepasa...
Da más datos, para ver si alguien con maca te puede ayudar:

- Te pasa también con los controles por defecto para todos los juegos, o sólo para ese juego que quieres configurar de manera distinta?
- Que sistema de controles usas? PadHack, J-Pack, X-Arcade...?

Y ni idea de más