Pues por internet hay varias bases de datos de roms donde se especifica un nombre (único) para cada una. Hay algunos emuladores que NECESITAN que las roms tengan el nombre correcto, MAME por ememplo, y otros que no, ZSNES por ejemplo. De cualquier modo es una buena costumbre tenerlas todas bien renombradas.

Para renombrarlas, dado el gran número de roms que hay, no se debe hacer a mano, sino que hay programas para hacerlo. Pásate por las PRF para leerte el tutorial de clrmamepro para saber más.

Un saludo.