Si quieres utilizar n skin para MAME y otro para Supernintendo, por ejemplo, haz lo siguiente.
Bajate el Layout y renombra como se llame tu emulador.ini. Mete los graficos "emulador-main.jpg", etc junto con el "emulador.lay" en la carpeta que tegas asignada para tal fin, por ejemplo en C:\MAMEWAH\Layout\Skins (mete en la misma carpeta todo, es decir, mete el de MAME, el de SNES en la misma carpeta pero nombrados correctamente).
Ahora ve al archivo MAMEWAH.dat y modificale para que la ruta de los layouts sea la que tu quieres y ya está.