Perdona poseiido, pero no atendí la consulta que abria esto.

Si funcionas únicamente con el advenceCD no puedes hacer ningún cambio puesto que al CD que lees al vuelo ,no le puedes modificar nada.
Yo hace unos meses que lo utilicé para jugar en el PC y te hablo de memoria,...
A lo que vamos , si esos archivos están escritos por defecto en el CD (en la imagen .iso) lo que puedes hacer es, una vez los has modificado a tu gusto,
utilizar un software (isobuster u otros...) para modidificar el fichero imágen de CD(.iso), creado pòr advanceCD,sustituyendo los archivos de configuración contenidos en la imagen por los que tu has modificado.