Hola

Creo que he solucionado el problema. No tenía nada que ver el controlador de pantallaque utilizase, se ha solucionado con algo tan simple como cambiar el modo de "screen area" de "auto size" a 640x480 y ya está.
Ahora tengo otra duda, en el MAME32 viene por defecto la opción "auto size" ¿Como puedo cambiar todos los juegos verticales a la vez?.

(Espero que la solución no sea hacerlo de modo manual )