YO creo que sí se pueden configurar grupos de juegos, pero hay que preparar algo el entorno antes. Te creas las n configuraciones que estimes diferentes, y le das 1 nombre descriptivo, p.ej. 4ways3botones.cfg, 8ways4botones.cfg, etc, y a la hora de ejecutar un juego, antes haces copy fichero.cfg juego.cfg, es decir, capturas el cfg que le corresponda y lo nombra con el nombre del juego. Esto lo deberá hacer el frontend, o bien te haces un bat que reciba como parámetro el nombre del juego. p.ej.

if %1=pacman then copy 4ways0botones.cfg %1.cfg
if %1=dkong then copy 4ways1botones.cfg %1.cfg

etc
etc