Hola, lo que está claro es por qué funciona con un mando y no con un teclado: porque lo tienes configurado no con los cursores. Vamos, eso es lo más probable.

Ooooyes, cuando dices que no te deja eliminarlo, ¿por qué no te deja? ¿Te sale algún error? ¿o es que sencillamente parece que lo elimina pero sigue ahí?
Consejos para eliminarlo:

- cierra todas las aplicaciones (MAMEs incluidos)
- un solo click con el botón izquierdo del ratón sobre el fichero default.cfg
- pulsa la tecla Supr del teclado, y confirma que lo deseas borrar