Bueno, ya estoy aqui. Mi conclusion es que cada ordenador es un mundo.
Aquí teneis lo que he sacado después de muchas pruebas:

- Lo que mas me ralentiza la emulación, es marcar, en "Misc": "Screen Smoothing". Esto hace que vaya lentísimo.
- También me ralentiza, aunque menos, marcar en "Compatibility", "Framebuffer Textures": "Gfx Card Buffer & Software - Slow". Esto ralentiza sensiblemente.

- Otra cosa que ralentiza es marcar la casilla "Mask Bit".

Por último, lo de la raya imperceptible de enmedio, no me la quito ni por casualidad, pero la raya (claramente perceptible, y muy molesta) de la derecha, se me ha quitado marcando "Unfiltered Framebuffer Updates".

Lo de "Ful screen Flipping" no parece producir ningún efecto en mi equipo.

Curioso, verdad?

A ver si entre todos avanzamos algo, y logramos hacer un buen tutorial o algo parecido.
Yo, de momento, ya me quedo muy satisfecho con mi configuración actual. (si me decís como hago para hacer una captura de pantalla, os la pongo)

Saludos!