Como se explica en el tutorial, las fixfiles son los ficheros de las nuevas versiones del mame. Así que no deberían hacerte falta.

Te pongo un ejemplo. Imagina que tienes TODAS las roms del mame 0.80 perfectamente. Y nos han pasado un cd con las nuevas roms, SOLO LAS NUEVAS, del mame 0.81. Pues en la configuración del clrmamepro indicaríamos ese CD como directorio con los fixfiles y el programa ya se encargará de irlas copiando a tu directorio normal de roms.