Te hacen falta y no te la hacen. Me explico.

Como tu has dicho, hay juegos que han dejado de funcionar. Eso es por:

a) han cambiado de nombre
b) han añadido, quitado o modificado roms al juego

Si el problema es del primer tipo (o parecido), el clrmamepro será capaz de arreglarte los juegos sin fixfiles. En el caso b, salvo que hayan quitado ficheros, te harán falta nuevos ficheros con los que corregir los fallos.

De cualquier modo, y dependiendo del número de juegos que te presenten problemas, es más sencillo volver a descargarse la nueva rom completa del juego que da problemas antes que estar buscando los ficheros necesarios para corregirlos.

Espero haberte servido de ayuda.