El ClrMamePro tiene, como bien te dicen, dos funciones principales:scanner y rebuilder

El primero actua sobre tus roms, sin hechar mano de otras nuevas que hayas conseguido por ahí.
Lo que hace, basicamente, es "arreglar" tus roms antiguas, cambiandoles el nombre, el tamaño, y poco más, pero no puede "generar" los archivos que les puedan faltar.

El segundo lo que hace es coger los archivos que le faltan a tus roms, de otra carpeta donde tengas las tan necesitadas roms nuevas. Los coge, y los pone en tu carpeta de roms, completandolas así con los archivos necesarios.

Por tanto, si ya tienes las roms nuevas, usa el "rebuilder", y después el "scanner" para acabar de renombrarlo todo y dejarlo todo limpio.

Si no tienes roms nuevas, usa sólo el scanner, y arregla así las que tengas con lo que haya en ellas, sin "material adicional".

Un saludo, y suerte.