hay una solucion, mira cual es la resolucion y ratio de refresco de tu escritorio de winwows y luego en en las opciones de configuracion por defecto del mame, en avanzados abajo a la izquierda pon esa misma resolucion/refresco, e voila.



De todas formas eso te ocurrira por que tu monitor al cambiar de resolucion se descentra, que monitor tienes?