OK, esto si me ha pasado a mi, en este caso usa el RomCenter, esta si detecta cuando las roms están corruptas, y también puedes separarlas por romset principal y romset clones, puedes poner las opciones de que borre todoslos archivos dañados, y al final guardas el reporte de tus roms (las perdidas) y así sabrás que te toca bajar de nuevo.