Prueba algo sencillo y efectivo en algunos caos: en el MAME, ves a FILE > AUDIT ALL GAMES.
Con esto, el MAME te pondrá como "availables" esas ROMs que te funcionan.

Por último, si quieres que te funcionen más ROMs de las que tienes, no tendrás más remedio que conseguir por tus propios medios las nuevas versiones de esas ROMs, y añadirlas con la opción "Rebuilder" del ClrMamePro