Hola, gansteril, veamos...

El JAMMA no está alrevés en el JPAC, porque si no el botón 3 del player 1 te daría -5v siempre, que es el pin opuesto al de dicho botón. Así que eso, descartado.
Por cierto, ApacheSp, el conectar el JAMMA alrevés en el JPAC no creo que sea dañino, pues el JPAC pasa completamente de los pines de voltaje ya que se alimenta del cable PS/2 que sale del PC.

Bueno, gansteril, yo me ofrezco voluntario a catar tu JPAC, pero no te sale rentable mandármelo hasta Sevilla ida y vuelta... habría que idear otra cosa...
Aquí hay 5 elementos susceptibles de fallar: microswitches, JAMMA, JPAC, PS/2 y MAME, en ese orden. Mira, vamos a ir paso a paso. Lo primero que vamos a hacer es comprobar que los microswitches van bien. Para ello, desconecta el JAMMA del JPAC. Ahora pincha el positivo de un polímetro en el pin 18 del JAMMA en su cara de componentes, y el masa del polímetro en el pin 1. Debería medir 0v. Ahora Pulsa arriba en la palanca del jugador 1 a la vez que mides (posiblemente necesitarás un ayudante para esto). Debería medir +5v mientras estés tirando hacia arriba.

Confirma todo esto, y seguimos.