Hola, a qué nomenclaturas te refieres? si es lo de "(U)", "(!)", lo primero es la inicial del país al que pertenece el juego, y el simbolo de exclamación significa que la ROM ha sido testeada y se encuntra en perfecto estado de dumpeo
Hay otras letras que indican la versión, o si se trata de una rom traducida.

Yo lo que hago es juntar todas las roms de todas las carpetas, en una sola carpeta, y pasarles el GoodGen (programa para renombrar roms), el cuál te las renombrará, te separará las duplicadas, y te dirá qué roms te faltan de todas las existentes conocidas.