Bueno, creo que ya voy afinando y se donde empieza el problema.

Configuro solamente los controles basicos del player 1, coin, seleccionar 1 jugador y Esc para volver al menu. Asi funciona sin problema.

Peeero, sin configuro en las opciones generales unos botones o combinacion de estos para acceder a esas opciones es cuando se va todo al carajo y se queda como al principio, por defecto todo vaya.

Para Esc he configurado Joystick arriba + 1 jugador
Para Tab Joystick abajo + 1 jugador
Para Player 1 select, el Boton 1 (el de disparar)

¿Sabeis por que puede ser?

Gracias
PaPiTo