No entiendo muy bien qué duda tienes.

Lo que tienes que hacer es alimentar los diodos que vayas a usar con la tensión que necesiten, en el caso del trackball, parece ser que es de 5v. Los detectores de movimiento, hasta donde llegan mis conocimientos electrónicos, son pasivos y generan una pequeña tensión al recibir luz, es decir, no necesitan alimentación y podrás conectarlos directamente al ratón que uses para el hack.

En cuanto a lo de tapar los diodos que no quieres utilizar, no es necesario. Puedes dejarlos conectados y destapados si no te quieres complicar. Ayer estuve probando con mi hack de ratón y funcionaban perfectamente dos sistemas en paralelo para detectar el movimiento, es decir, tenía el ratón y el trackball (un solo eje de momento) funcionando a la vez. Sin embargo para usar ratón o trackball si que convendría que anularas uno de los dos para evitar molestias al jugar (lo que se dice un poco más arriba).

Y en cuanto al interruptor para conectar trackball o ratón, no es necesario un interruptor de 6 patillas (conectan 2 circuitos a la vez), con uno de solo tres patillas vale. Pero ojo, esto último considerando que trackball y ratón utilizaran la misma tensión para alimentar sus diodos.