Bueno Macarro mi prpuesta sería la siguiente:

Colocar en primer orden el TB, es muchísimo más comodo, tanto para jugar como para manejarse por windows.
Colocar 3 botones para el TB, a modo de botones del ratón y además, por ser la configuración por defecto para el missile command.
Suprimir un botón por jugador, y hacer una distribución más ergonómica de los botones, así será más comodo para la mano y también tendrás la confuguración original de una MVS de NeoGeo.
Prescindir de los botones de credito virtual sobre el panel, y colocarlos o bien debajo..o en la misma puerta del monedero..(detrás de los monederos)
Para la colocaciión del TB, es así como yo la realizé..y la verdad...queda de lujo.
Lo mlao, es lo que comentas.....si algun dia debes desmontar el trackball, debes quitar el metraquilato también..
Un consejo que te doy......corta primero en el metraquilato el agujero del TB....sino te puede quedar desigualado.....al menos con el diseño:

También si puedes despues rebajar el borde del metraquilato....(la parte de la bola)...mejor:

Por lo demás...ten presente que el Spinner necesita una placa (donde se cablea) por debajo...aparte de un disco con dientes.
Un saludo.