Deduzco, por el temor de cagarla, que no tienes JPAC, ¿no?
Bueno, eso es lo de menos. Simplemente asegúrate que dejas de ver la imagen en el monitor del PC, y así estarás (casi) seguro de que la frecuencia horizontal es aceptable para el monitor arcade.
A ver, si 720x480 te sigue comiendo partes de la pantalla, cambia a 640x240. Saldrán los iconos y las letras más gordas, pero debería caber todo OK. Si tampoco, yo apuesto a que el potenciómetro de la amplitud vertical lo tienes mal regulado. Ese potenciómetro hace que la imagen se achique o agrande verticalmente. A lo mejor lo tienes demasiado ampliado, con lo que se te sale por los bordes de arriba y/o abajo, jiji