Si realmente es curioso...ya que yo utilizo la AVGA, y el escritorio de windows se vé bien a 640x480.
No sé exactamente a que puede ser debido....aunque yo descarto de que sea tema del monitor.
Estube toqueteando la opción:
display_interlaceeffect NONE / EVEN / ODD /FILTER

Textualmente, dice que, selecciona algunos efectos especiales en juegos con modos de video entrelazados.
Para los modos de video que no son entrelazados, está siempre desabilitado.

Opciones:
NONE : Sin efecto
EVEN: Alterna las lineas visuales
ODD: Alterna las linesa ocultas
Filter: Aplica un filtro vertical

Yo lo probé y no logré arreglar la imagen.....claro que lo suyo...como te he comentado...es usar un monitor girado.....y así....desaparecerían los problemas....(Aparte de poder usar un monitor Multifrequencia..)

Un saludo.