Hola, yo tengo el VBA versión 1.7.2 y sí me lo permite. Para ello:

Options -> Video -> Other Full Screen -> y ahí te deberá salir una lista de los distintos controladores que tengas en el PC. Elije uno, y te saldrá una lista de las resoluciones que aguanta ese modo. Si la acepta, deberá estar la 640x480 entre ellas.