Si eres tan amable podrías pegar el ini de n64?
Por regla gerenal mamewah no apecta más de una extensión.
Para que te lea todo el directorio puedes poner como rom_extension *
Aunque de esa forma te mostrará todos los ficheros con su extensión
Yo prefiero comprimirlos todos en zip y asi no tendrás problemas
Saludos