BUeno, por lo que dices puedes utilizar los pads para jugar, eso es normal teniendo en cuenta que para jugar empleas el emulador y no el MAMEWAH.
Ahora bien, para manejar el MAMEWAH con el pad debes hacer lo siguiente (sacado del tutorial):
Entramos en la carpeta CTRLR y abriremos el archivo ini
para configurar todos los botones con los que queremos
manejar el programa.
Por defecto viene habilitado el manejo a través del teclado,
pero podemos manejarlo también con el ratón e incluso
con un Joystick, o control pad. Para ello buscamos la línea
###SETTINGS### y la modificamos como se indica a
continuación:
- Para habilitar un dispositivo escribimos un 1
- Para desactivar un dispositivo escribimos un 0
Por tanto para manejar el MAMEWAH con el PAD deberías poner: Joystick 1

Una vez habilitado lo que mejor se adapte a nuestras exigencias configuramos los botones o teclas
para cada una de las acciones que puede realizar el frontend. En la carpeta Docs viene explicado como debemos describir cada botón para editar el ini, pero para vuestra comodidad aquí tenéis el listado de cómo debéis escribir cada tecla a la hora de editar el archivo ctrlr.ini (Para el caso concreto del pad):
JOY?_LEFT
JOY?_RIGHT
JOY?_UP
JOY?_DOWN
JOY?_BUTTON0-31
La interrogación ? indica el número del joystick o pad.
Tenemos en cuenta que el primer botón del pad siempre se llama botón 0 (en vez de 1), por ejemplo si
queremos asignar el botón2 del pad1 ponemos JOY1_BUTTON1
NOTA: Se recomienda consultar en “panel de control/dispositivos de juegos” la asignación numérica
atribuida a nuestros botones de joystick o control pad

Asignando teclas:
Las opciones más usadas del MAMEWAH, y por tanto a las que tendremos que prestar mayor
atención, son las siguientes:

- En la pantalla principal de mamewah:
Moverse arriba o abajo en la lista de juegos:
UP_1_GAME "DIK_UP ¦ JOY1_UP"
DOWN_1_GAME "DIK_DOWN ¦ JOY1_DOWN "
Moverse de letra en letra por la que empiezan los juegos:
UP_1_LETTER "DIK_LEFT ¦ JOY1_LEFT"
DOWN_1_LETTER "DIK_RIGHT ¦ JOY1_RIGHT"
Lanzar un juego
LAUNCH_GAME "DIK_1 ¦ JOY1_BUTTON0"
Elegir emulador
NEXT_EMULATOR "DIK_4"
PREVIOUS_EMULATOR "DIK_6”

- En el menú de opciones:
Mostrar el menú de opciones
MENU_SHOW "DIK_2 ¦ JOY1_BUTTON1"
Moverse por las distintas opciones
OP_UP_1_OPTION "DIK_UP ¦ JOY1_UP"
OP_DOWN_1_OPTION "DIK_DOWN ¦ JOY1_DOWN”
OP_UP_1_OPTION_PAGE "DIK_LEFT ¦ JOY1_LEFT"
OP_DOWN_1_OPTION_PAGE "DIK_RIGHT ¦ JOY1_RIGHT"
Seleccionar o retroceder en el menú de opciones
OP_MENU_SELECT "DIK_1 ¦ JOY1_BUTTON0"
OP_MENU_BACK "DIK_2 ¦ JOY1_BUTTON1"
Salir de MAMEWAH
EXIT_TO_WINDOWS "DIK_ESCAPE"

Despues de esta parrafada debería funcionar bien el MAMEWAH, solo me queda pensar que no tenías habilitado la opción JOYSTICK o que no has asignado correctaemnte los botones del PAD, ten en cuenta que el botón 1 del PAD windows le reconoce como botón 0.
No olvides poner las ordenes entre comillas, y tampoco indicar el numero del PAD:
OP_MENU_SELECT "DIK_1 ¦ JOY1_BUTTON0" (pad nº 1, botón nº 1)
OP_MENU_BACK "DIK_2 ¦ JOY1_BUTTON1" (pad nº 1, botón nº 2)