Tendrías que crearte una configuración especial para cada juego, pero te funcionaría perfectamente usando joytokey. Tan solo tendrías que lanzar joytokey con la configuración deseada antes del juego y cerrarlo al finalizar el mismo. Para hacerlo, línea de comandos.

Este sería por ejemplo el .bat que tengo configurado para lanzar "Rick Dangerous" de PC con una configuración determinada ya que el juego no acepta joystick.

CODE

start joytokey.exe rick.cfg
"C:\Archivos de programa\DOSBox\dosbox.exe" -conf "C:\Archivos de programa\DOSBox\Confs\Rick Dangerous.conf" -noconsole
c:\process -q joytokey.exe
exit