Hola Tonykbrown.
Yo te puedo explicar como lo tengo yo en mi máquina, la RetroArcade.
Aparte de tener un cable conectado a un botón de encendido/apagado directamente a a la placa, tengo un mini-menú, donde elijo cargar el ADVMENU en Ms-dos puro...o WINDOWS 98...(para el tema de gestionar archivos y Visual Pinball)
Yo uso Ms-dos y el Advmame y Advmenu.
Tengo modificados el AUTOEXEC.BAT
QUOTE
AUTOEXEC.BAT
SET BLASTER=A220 I5 D1 H5 P330 ----------------------------(Carga el sonido para Ms-dos)
SET PATH=C:\WINDOWS;C:\WINDOWS\COMMAND;C:/DOSDRV-------(Directorios donde buscar)
SET PATH=%PATH%;C:\GMOUSE; -----------------------------( Directorio de los Drivers del mouse)
C:\GMOUSE\GMOUSE.COM N2F8,3 ----------------------------(Carga los drivers del Mouse COM1 para Ms-dos)
SET CTSYN=C:\DOSDRV
C:\DOSDRV\SBEINIT.COM
mode con codepage prepare=((850) C:\WINDOWS\COMMAND\ega.cpi)
mode con codepage select=850
keyb la,,C:\WINDOWS\COMMAND\keyboard.sys
C:\WINDOWS\SMARTDRV 8192 ---------------------------------(Gestor del caché de disco para Ms-dos)
:MENU
CLS
@ECHO OFF
ECHO.
ECHO MENU PRINCIPAL:
ECHO.
ECHO [START 1] EJECUTA MAME !!!--------------(acción asignada a la tecla 1...es decir el START 1 de mi máquina es la tecla 1)
ECHO.
ECHO [START 2] EJECUTA WINDOWS 98--------------(acción asignada a la tecla 2...es decir el START 2 de mi máquina es la tecla 2)
ECHO.
CHOICE /C:12 /T:1,10 /N ELIJA UNA OPCION-------(Las opciones son tecla 1 o tecla 2, si pasan 10 segundos automáticamente ejecuta la tecla 1)
IF ERRORLEVEL 2 GOTO WINDOWS
IF ERRORLEVEL 1 GOTO MAME
:MAME
CLS
@ECHO OFF
ECHO.
ECHO ARRANCANDO MAME, POR FAVOR ESPERE...
C:
CD MAME
ADVMENU.EXE
GOTO END
:WINDOWS
CLS
@ECHO OFF
ECHO.
ECHO ARRANCANDO WINDOWS 98, POR FAVOR ESPERE...
C:
CD WINDOWS
WIN
GOTO END
:END
Luego también tengo modificado el MSDOS.SYS
QUOTE
MSDOS.SYS
[Paths]
WinDir=C:\WINDOWS
WinBootDir=C:\WINDOWS
HostWinBootDrv=C
UninstallDir=C:\
[Options]
BootMulti=1
BootGUI=0
logo=0
DoubleBuffer=1
AutoScan=1
WinVer=4.10.2222
;
;The following lines are required for compatibility with other programs.
;Do not remove them (MSDOS.SYS needs to be >1024 bytes).
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxa
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxb
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxc
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxd
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxe
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxf
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxg
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxh
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxi
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxj
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxk
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxl
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxm
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxn
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxo
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxp
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxq
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxr
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxs
En esta página podrás encontrar mucha información de como configurar tu equipo bajo Ms-dos.
Con ésta configuración, apago y enciendo mi PC, dándole a un botón...y jamás he dañado la placa, o me ha salido un ScanDisk.
Para el tema de Windows, no puedo ayudarte...ya que estoy pegadísimo..

Un saludo.