Hola,
Ferran_18, si no se te guardan las configuraciones probablemente será que tienes algún archivo del mame 32 marcado como solo lectura.
Si cada juego hay que configurarlo cada vez, tambien puedes ir a la carpeta cfg, borrar las configuraciones de los juegos que tienes alli (se crean automaticamente al configurar cada juego) y volver a intentar configurarlos.
Si nada de esto te funciona lo mas sencillo es volver a instalar el mame32 (en aproximadamente 1 minuto lo tienes hecho)
Espero que te sirva de ayuda.
Un saludo.