Estuve mirando las configuraciones y el command line de neoragex, con lo que he supuesto que puede funcionar de la siguiente manera


### neoragex.ini (mamewah v1.60) ###

emulator_title Neoragex

### List Generation Settings ###
rom_path c:\neoragex\roms
rom_extension zip
dat_file
nms_file
catver_ini_file
list_generation_method rom_folder

### Execution Settings ###
emulator_executable c:\neoragex\neoragex.exe
commandline_format [name]{nodosbox}{nosafelaunch}
alt_commandline_format_1 [name]{autodosbox}{nosafelaunch}
alt_commandline_format_2 [name]{autodosbox}{nosafelaunch}
game_specific_config_path

Prueba y me cuentas