si y no.
Me explico, si tienes las nuevas roms bien empaquetadas en zip con sus nombres correctos y tal, la respuesta es SI, copias, pasas el scanner y listo. Los zip nuevos sustituyen a los viejos si se llaman igual y el scanner elimina los ficheros viejos, aquellos que no reconoce.
Sin embargo si lo que tienes como update solo contienes las roms nuevas y/o diferentes, por ejemplo lo-lo.rom de neo-geo (ya sea en zips, en carpetas o a lo bruto), la respuesta es NO. En este segundo caso habría que usar el rebuild. Con el rebuild indicas la carpeta a añadir (el cd que te ha prestado tu colega xxx) y la carpeta de destino (la carpeta de roms en el disco duro). Entonces el programa va generando los nuevos .zip a partir del contenido de la carpeta de roms y del cd que te han prestado, eliminando todo lo que no haga falta.
Además, con el rebuild, por ejemplo, podemos elegir el nivel de compresión que queramos (a veces las roms que conseguimos no están comprimidas al máximo) o poner las roms en carpetas para que nos carguen más rápido (y nos ocupen mucho más, claro

)
Un saludo.
PD.- En general, clrmamepro parece muy complejo al principio, pero de verdad que vale la pena aprender a usarlo ya que tiene opciones muy interesantes (como la de separar las roms en carpetas según sistemas)