Bueno, la verdad es que la cosa está jodida.

Los dat que trae incorporados el romcenter no se muy bien cómo van porque el programa hace muchísimo que no lo uso. De todos modos, fíjate en que esos dats que has usado son DATS paraciales de MAME donde solo se cogen los romsets de CPS-1 (una sistema de Capcom, así que es normal que no haya muchos juegos).

En cuanto a tus preguntas:

1.- Si, parece que la cosa está complicada. Con seguridad, esto es porque la versión que estás usando de MAME es muy vieja. Yo te recomendaría que subieras un poco más, por aquí creo que suelen recomendar la 0.86. Con esa deberías tener buen rendimiento y ningún problema para crear el dat y utilizar clrmamepro.

2.- En la carpeta de origen de rebuild deben estar las roms nuevas, las actualizaciones que deseas añadir. Las puedes tener comprimidas o no.

3.- Como dices, puede ser que muchos juegos no te funcionen, pero todo te será más fácil, conseguir roms, actualizarlas, etc...

4.- Ese número indica cuántos de los juegos emulados por MAME están en estado working, es decir, correctamente emulados (aunque no los tengas). Según eliges carpetas a la izquierda, te indicará cuántos juegos de cada tipo hay.

Así que ahora a juntar ánimos y a usar una versión de MAME que no sea tan puñetera. Pero si no vas mal de disco duro, no te deshagas de todo eso para no estar un para de días sin jugar

PD.- Te mando un privado.