El sistema cutre que usaba yo para ejecutar .bat es el siguiente:

1.- Te creas un .bat que sea

echo off
%1
echo on
y lo llamas falsoemu.bat

2.- Desde mamewah dices que el emulador es falsoemu.bat y que las roms son los bat que realmente quieres ejecutar.

3.- Ya solo queda decir que lanzamos los bat haciendo "falsoemu [romname].[romext] (o como sea, que lo estoy haciendo de memoria).

De todos modos, creo que había un método mejor y era usando cmd.exe del propio sistema operativo como "emulador"