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que resolución usas para el escritorio de Windows? He leido en algun post de usuarios con JPAC (que por lo que parece ya lleva integrado el circuito que genera el csync) que tenían que utilizar resolucion 720x480 en vez de 640x480 para evitar parpadeo...

Sin JPAC y usando TV, la resolución máxima que puedo poner es 640x480 para que me "quepa" el escritorio completo en la pantalla. Puedo subir la resolución lo que quiera hasta 1024x768 pero entonces se quedan cosas inaccesibles fuera de pantalla y me tengo que mover por el escritorio como si tuviera scroll.
Como ya he puesto en otro post, el parpadeo de la imagen se denomina efecto flicker y es producido por sacar desde la AVGA una imagen no-entrelazada necesitando la TV que le llegue entrelazada. Y en este caso parece ser que a partir de 640x288 la imagen sale no entrelazada y de ahí el efecto flicker en las TV PAL, cosa que parece que no ocurre en los monitores arcade que son NTSC (aunque esto último no lo tengo claro del todo).

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- El manual de servicio de la tele no responde a los cambios de los parámetros que controlan la anchura y desplazamiento horizontal (no teniendo problemas con los parámetros que controlan la altura y desplazamiento vertical). También podría ser debido a la señal de sincronía.

Pues descarto que ese sea tu problema, ya que, he leido en muchos sitios que se recomienda no tener conectado nada a los AV de la TV cuando se modifica el menú de servicio, incluso algunas Tv no dejan acceder a dicho menú si hay algo conectado. Con lo cual, nada ajeno a la TV debería interferir en la modificación de la geometría horizontal.
Prueba a modificar los parámetros a "ojímetro" sin tener conectado nada en los AV y nos cuentas.

Saludos.