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Hay un cierto parpadeo que nunca se evitará y es el debido al entrelazado.

Efectivamente, pero creeme que en este caso el flicker es mucho más acentuado que el que provoca el entrelazado por defecto.

En este link podemos leer claramente las ventajas y desventajas de usar un cable VGA-SCART.
En el apartado de desventajas podemos apreciar que,

- es normal que aparezca el flicker usando este tipo de cable a menos que se disponga de una TV de 100Hz.
- y que las resoluciones están muy limitadas. Lo que hemos comentado aquí de que el windows y aplicaciones quedan fuera de la pantalla, sobretodo verticalmente.

He estado mirando conversores comerciales de VGA a PAL y todos tienen algún "pero", o no trabajan con frecuencias horizontales tan bajas de 15.7KHz, o en algún momento mezclan el RGB, o valen un pastón porque son soluciones profesionales.
Seguiré buscando algún circuito casero que haga las veces de filtro de flicker pero ya he leido por más de un sitio que son circuitos bastante complicados.

Saludos.