Si, lo que puedes hacer es crear un acceso directo a las distintas configuraciones. Es decir, no tienes que abrir epsxecutor.

Dale al botón derecho sobre cualquiera de los iconos de las configuraciones (en la parte derecha del programa) y verás como te da la opción de crear un acceso directo a ella en el escritorio. Entonces, para ejecutar esa configuración no hay que abrir el programa, desde el escritorio hacemos doble click sobre el acceso directo y listos, se nos lanza epsxe con la configuración elegida. Y si en el CMD line ponemos que se ejecute una imagen, pues ya lo tenemos todo, con un doble click tenemos nuestro juego funcionando.

Es decir, que desde gameex solo hay que ejecutar el enlace directo. Si no recuerdo mal, con mamewah yo ejecutaba los .lnk con cmd.exe de windows.