La verdad es que lo que he hecho es seguir el tutorial que hay Marcianitos. Ahí te lo explica todo. De hecho, no he tenido que configurar el teclado, porque automáticamente te asigna la configuración por defecto del mame.

Esta es la configuración que queda al final:

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Player 1 & 2 movement controls like Mame
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Fire 1 & 2 for Player 1 & 2 like Mame
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Player 1 Fire 3 = F1, Fire 4 = F2, Fire 5 = F3, Fire 6 = F4
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Player 2 Fire 3 = F5, Fire 5 = RETURN
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Player 1 Start ("1" on keyboard) = SPACE
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Coin Player 1 ("5" on keyboard) = MOUSE 1 UP
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Coin Player 2 ("6" on keyboard) = MOUSE 1 DOWN


Echa un vistazo al tutorial y cualquier problema no dudes en decirme. Lo más lioso es lo de generar las configuraciones para cada juego, pero existe una utilidad que te lo hace automáticamente (en el tutorial está)