Edita el fichero mamewah.uae y échale un vistazo. En mi caso tuve que cambiar la localización de la ROM. Ese fue el único cambio que tuve que hacer.

1. Genera los ficheros UAE con el programilla
2. Carga el Winuae
3. En la lista de Configuraciones te deben salir todos los UAEs que se han
generado. Pulsa en el juego que estás interesado y dale a LOAD.
4. Vete a Input y mira cómo ha cambiado la asignación del teclado.
5. Mira si en floppy también está asignado el juego correctamente.
6. Pulsa OK para jugar.

Todo esto te lo estoy diciendo de memoria, ya que yo sólo lo he probado directamente con el mamewah, y por lo tanto no tuve que hacer nada de eso.