hola macarro yo de linea de comandos mas bien me entero poco
pero bueno estube echando un vistazo al mala.ini que supongo que sera donde esta todo y solo vi que hacia referencias al mame.
al fba y al epsxe que tengo puestos no veo que tenga ninguna referencia. te pego un trocito

[Emulator]
Typ=1
Selected=1

[Mame]
Title=M.A.M.E. v0.101 (Oct 8 2005)
NamingDefinable1=0
NamingDefinable2=0
NamingDefinable3=0
NamingDefinable4=0
WindowState=2
AutoRotate=0
AutoRotateMaLa=0
Exe=D:\Mame32 version 0.101\Mame32.exe
Snaps=D:\Mame32 version 0.101\snap
Marquee=
CPanel=
Definable1=C:\WINDOWS\Escritorio\front\Nueva carpeta


y sigue con algo mas pero ni rastro de los otros 2.

si me puedes comentar un poco como va, aunque sea por privado para no colapsar el hilo, te lo agradeceria mucho.

un saludo